1) Призрак - это "эхо" от части сознания Себастьяна, оставшейся в первом STEM (в больнице из 1-й части). В итоге по ходу игры это "эхо" привело Себастьяна к этой застрявшей его части, которую он затем самолично убил и тем самым избавился от душевной боли, которая не давала ему нормально жить со времен событий 1-й части. Это нормально раскрывается в игре, если вникать - вопроса по идее вообще не должно было возникнуть.
2) Если не выполнять побочный квест Сайкса - Себастьян по пути к уже превратившемуся О'Нилу находит его труп. Следовательно, на сюжет вопрос выжил ли Сайкс при попытке выбраться через "бэкдор" в случае нашей помощи, влияния никакого не оказывает. Мог выбраться из STEM, мог и не выбраться. Ну либо гарантированно помер, если мы ему не помогаем.
3) Этот вопрос действительно странным образом вообще не затронули. Если бы Лесли-Рувик присутствовал и в новом STEM, то наверняка стал бы одним из сильнейших персонажей. Так что можно делать вывод, что в новый STEM его не помещали. Вообще 1-я часть уж очень сильно намекала концовкой, что именно Рувик выбрался в теле Лесли. Почему 2-я часть напрочь игнорирует этот сюжетный ход действительно непонятно, ведь изначально казалось, что продолжение будет строиться именно на нем.
4) Скорее всего, прояснение оставили на 3-ю часть, вместе с потенциальной перезагрузкой STEM и по-странному решительно выглядящей Кидман в конце после титров. Если Джозеф жив, значит его жизнь была нужна Мебиусу. А Мебиусу жизнь того, кто уже "сходил" по их милости в STEM, может быть нужна только в качестве очередной марионетки или эксперимента. А может и нет - возможно, фраза Кидман про "потом расскажу" за собой ничего и не имеет, и нам просто напомнили страничку из общего прошлого персонажей и не более того.
Единственные хорроры которые одобряю эту серию и обителей. 
