VirtualBox может управляться как через GUI-интерфейс, так и через командную строку.
Для расширения функций программы разработан специальный комплект SDK.
Параметры виртуальных машин описываются в формате XML и никак не зависят от того физического компьютера, на котором система работает. Поэтому виртуальные компьютеры формата VirtalBox легко переносить с одного ПК на другой.
При использовании на "гостевых" компьютерах операционных систем Windows или Linux можно воспользоваться специальными утилитами, значительно облегчающими переключение между физическим и виртуальными компьютерами.
Для быстрого обмена файлами между гостевым и физическим ПК можно создавать так называемые "разделяемые каталоги" (Shared folders), которые одновременно доступны из обоих этих машин.
VirtualBox позволяет подключать USB-устройства к виртуальным компьютерам, позволяя виртуальным машинам работать с ними напрямую.
VirtualBox полностью поддерживает протокол удалённого доступа RDP (Remote Desktop Protocol). Виртуальная машина может работать как RDP-сервер, позволяя управлять ею удалённо.